سپس راه خود را از طریق مبارزه با زینومورف‌ها ادامه داده و به پایگاه یوتانی می‌رسند، جایی که متوجه می‌شوند رودریگز در واقع یک هوش مصنوعی مادر به نام SN/TH/YA است. اکنون چون که این هوش مصنوعی، یک موجود سرکش شده است، تصمیم به خاموش کردن آن می‌گیرند ولی رودریگز قبل از خاموش شدن، عملیات Asset Zero را آغاز می‌کند.

سربازان در ادامه به ویرانه‌های دیگری سفر کرده و متوجه می‌شوند که Asset Zero در واقع یک کشتی فضایی مهندسی دست نخورده است که دارای پاتوژن می‌باشد و رودریگز قصد دارد آن را به زمین بفرستد. آن‌ها موفق می‌شوند تا منبع تغذیه این کشتی را خراب کنند تا کشتی نتواند به زمین برسد.

سپس به کاتانگا فرستاده می‌شوند تا به صورت دستی، قدرت هسته‌ی ایستگاه را بیش از حد بارگذاری کنند و با این کار، کندوی زنومورف‌ها را از بین ببرند. آن‌ها موفق به انجام این کار شده ولی باعث خشمگین شدن ملکه زنومورف‌ها می‌شوند. سربازان می‌توانند قبل از انفجار پایگاه از آن‌جا فرار کنند. با وجود این موفقیت، زینومورف‌ها و فروشگاه‌های بزرگ پاتوژن، هنوز در طبقه LV 895 هستند و شرکت‌های مختلف، نیروهایی را برای تصرف این سیاره ارسال می‌کنند