داستان بازی Assassin's Creed: Origins را می‌توان ترکیبی از احساسات، نفرت، خیانت و عشق به خانواده دانست. در این بازی باید در نقش بایک (Bayek) از منطقه سیوا (Siwa)، به سفری در مصر باستان بروید؛ جایی که گروهی به نام Order of the Ancients، غوغایی از خون را به راه انداخته است و حال بایک باید به‌عنوان یک مِجای (Medjay) یا همان محافظ فرعون و در جریان بازی محافظ مردم، با آنها مقابله کند. بازی داستانی پیوسته دارد؛ به‌ویژه در زمینه شخصیت‌پردازی مانند شماره‌های دیگر Assassin's Creed، یوبیسافت توانسته ارتباط لازم میان بازیکن با شخصیت‌های درون بازی را حفظ کند. در جریان بازی، از اعضای Order of the Ancients گرفته تا مردم شهر و به قولی ان‌پی‌سی‌ها، حرف‌های زیادی برای گفتن دارند و شما باید به‌عنوان شخصی که خود را محافظ مردم نیز می‌دانید، راه‌حلی را برای مسائل‌شان پیدا کنید.